Una vez comprobadas las conexiones, son correctas entre la maquina cliente y servidor, observamos que son muy lentas, vemos el estado de los procesos:
mysql> show processlist;
+------+----------------------+--------------------+------+---------+------+-------+------------------+
| Id | User | Host | db | Command | Time | State | Info |
+------+----------------------+--------------------+------+---------+------+-------+------------------+
| 5317 | admin | localhost | NULL | Query | 0 | NULL | show processlist |
| 5578 | unauthenticated user | x:40846 | NULL | Connect | NULL | login | NULL |
| 5579 | unauthenticated user | x:40847 | NULL | Connect | NULL | login | NULL |
| 5580 | unauthenticated user |x:40848 | NULL | Connect | NULL | login | NULL |
| 5581 | unauthenticated user | x:40849 | NULL | Connect | NULL | login | NULL |
| 5582 | unauthenticated user | x:40850 | NULL | Connect | NULL | login | NULL |
Y observamos muchas conexiones unauthenticated, la solución a este problema es tan simple como, añadir dentro de /etc/my.cnf
skip-name-resolve
Y reiniciar el servicio de mysql
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