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Vamos a activar en el mysql el logueo de querys lentos:

Abrimos el fichero my.cnf, normalmente esta en /etc/my.cnf, si no esta allí ponemos locate my.cnf y lo buscamos.

Añadimos dentro de:
[mysqld]
Lo siguiente:
log-slow-queries=/var/log/mysql-slow-queries.log
long_query_time = 1
log-queries-not-using-indexes

log-slow-queries, establece el lugar físico del archivo de log
long_query_time, establece a partir de que cantidad de segundos se considera lenta una query
log-queries-not-using-indexes, también logueará las queries lentas que no utilizen índices

Creamos el fichero mysq-slow-queries:

touch /var/log/mysql-slow-queries.log
chown mysql.root /var/log/mysql-slow-queries.log

Y reiniciamos el servidor

/etc/init.d/mysql stop
/etc/init.d/mysql start

Si queremos analizar el log por ejemplo de querys de más de 20 sg:
mysqldumpslow -t 20 /var/log/mysql-slow-queries.log