Existen varios sitios web especializados en el analisisis de malware de tu web:
http://quttera.com/home
https://www.virustotal.com
http://sucuri.net/
Todos estos sitios te daran información de que se ha infectado. En caso de que aparezcas en google como "Este sitio puede dañar tu equipo", una vez limpiado puedes solicitar la revision del sitio en herramientas para webmaster:
https://www.google.com/webmasters/tools/home?hl=es
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